|
課程名稱 |
基因演化分析方法實作
PRACTICAL ON MOLECULAR PHYLOGENETIC ANALYSIS |
|
開課學期 |
97-1 |
|
授課對象 |
生命科學院 生態學與演化生物學研究所 |
|
授課教師 |
王俊能 |
|
課號 |
EEB5047 |
|
課程識別碼 |
B44 U1590 |
|
班次 |
|
|
學分 |
1 |
|
全/半年 |
半年 |
|
必/選修 |
選修 |
|
上課時間 |
|
|
上課地點 |
|
|
備註 |
初選不開放。為生物技術學程之ㄧ,8月底開始上課,須先向生物技術中心頂P胡哲明合開
總人數上限：20人 |
|
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/971pmpa |
|
課程簡介影片 |
|
|
核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
|
課程大綱
|
|
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
|
|
課程概述 |
親緣分析方法，特別是分析分子序列資料間的演化關係，已經是當代研究物種起源、追溯基因及基因體演化歷史的必要工具。對植物生技專長領域的學生來說，舉凡對作物間品系的鑑定，病蟲害基因體的演化，以及自然物種間親緣的探索，甚至在醫學上探討病原菌及病毒的演化和確認，都需要接觸到基礎基因序列演化分析的方法。 |
|
課程目標 |
為了提昇學生對這些當代重要基因演化分析方法的認識，我們將在課程中介紹這些方法的理論基礎、練習目前建構演化分析基因樹最常用的方法，並且明暸基礎分子演化的概念，強調在植物科學領域實例上的演練講解，希望能藉著最新的知識觀念灌輸學生具備基因序列演化分析的能力。本課程另將配合實習，讓學生親身用自己的研究數據或提供的數據範本，來實際操作建構演化樹國際上最常用的軟體PAUP, PHYLIP, MACCLADE及Mr. BAYES等；由此並進而了解建構演化樹目前最常用的所有分析觀念：如最簡約法則，距離法則，最大可能性法則，貝式可能性法則等 （parsimony, distance, maximum likelihood methods and Baysien analysis)。透過本課程設計，學員將能熟稔最新觀念的基因演化分析方法，並透過電腦實作，應用在其各自未來的研究領域中。 |
|
課程要求 |
最好有個人研究中的分子序列 |
|
預期每週課後學習時數 |
|
|
Office Hours |
另約時間 |
|
指定閱讀 |
|
|
參考書目 |
|
|
評量方式
(僅供參考) |
|
No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
|
1. |
期中考 |
0% |
|
2. |
期末考 |
0% |
|
3. |
隨堂測驗 |
0% |
|
4. |
作業 |
100% |
|
5. |
報告 |
0% |
|
|
|
週次 |
日期 |
單元主題 |
|
第1週 |
|
First step to create a phylogenetic tree -- Sampling, data
acquisition and alignment |
|
第2週 |
|
Methods for tree-building – overview of distance and
maximum parsimony approaches |
|
第3週 |
|
Likelihood-based and other methods |
|
第4週 |
|
Tree evaluation and branch support analysis |
|
第5週 |
|
Advance analyses: evolutionary rates, molecular clock,
detection of selection pressures, and codon usages |
|
第6週 |
|
Examining evolution on larger scales and describing your
results |
|
第7週 |
|
Examination and/or solving individual’s technical problems |
|